Desde el s. XVI, después de la fundación de la Villa, se inició la construcción de edificios militares. Las construcciones de la primera etapa se modificaron o destruyeron con el tiempo; la segunda etapa comienza con la construcción de la muralla en 1686 y la tercera etapa a fines del s. XVII cuando se construyen los reductos y las baterías de costa.
La construcción de la muralla se dio como consecuencia del gran auge económico y comercial que surge en aquel tiempo. La muralla tenía 8 baluartes y cuarto puertas al exterior, y estaba reforzada por el fuerte de San Miguel con sus dos baterías, San Luis y San Fernando (hoy desaparecida); y el fuerte de San José el Alto con sus baterías San Lucas y San Matías
Baluarte de San Carlos
El baluarte de san Carlos tiene sus inicios en el siglo XVII su nombre se debe al Rey Carlos II de España , en el año de 1676 fue inaugurado por el entonces gobernador Don Sandro Fernández de Angulo , de la misma manera que los demás baluartes presenta una forma pentagonal , en la actualidad es el único al que se llega através de una rampa modificada que desde la calle nos lleva al primer nivel , sus robustas puertas fueron elaboradas con madera las cuales invitan a recorrer el inmueble , en la parte de abajo esta el sótano se encuentran dos habitaciones donde probablemente funcionaron como prisiones y de estas han surgido innumerables historias de túneles y pasadizos secretos , el segundo nivel tiene una terraza que alberga a dos potentes cañones posados en sus cureñas y un campanario en una de sus aristas .
En pasadas épocas las crujías eran utilizadas como cuerpos de guardia , este baluarte tiene un aljibe y un silo llamado purguero donde torturaban a los prisioneros . Actualmente tiene albergado el titulo de la ciudad que fue concedido el 1 de octubre de 1777 por el Rey Carlos III de España , alberga también las llaves de la ciudad , así como las masas reales , una estupenda museografia que describe la evolución del a ciudad a través de los siglos .
El baluarte tiene en su interior muebles armas , esculturas y replicas de planos y partes de la historia , en una sala se encuentra la escultura dela india mosquito , desde la parte superior se puede observar “ La puerta del mar ” , “El baluarte de Santa Rosa ”.
Baluarte de Santa Rosa
Es uno de los bellos reductos d
e la gran muralla
Tiene grabado en el dintel de su puerta el nombre de Santa Rosa y un monograma de la Virgen María. Al igual que los demas es de planta pentagonal y cuenta con un pequeño patio interior. Desde su azotea se pueden apreciar los tres garitones que formaban parte del puesto de vigilancia.
Balaurte de Santiago
Este fue el último de los ocho baluartes y se construyo en 1
704 con el que se quedo amurallado el recinto. El nombre fue dado en honor a Santiago de Compostela o Santiago de Matamoros patrono de las conquistas de los españoles.
Uno de aquellos baluartes que defendieron la ciudad contra los ataques de los piratas fue el de Santiago, todavía en pie. La estructura conserva sólo la puerta de acceso original, ya que el resto del recinto es producto de remodelaciones.
Actualmente el jardín botánico Xmuch Haltún (conjunto de sartenejas) alberga una gran cantidad de la flora de la peninsula en las cuales algunas plantas son medicinales, otras comestibles así como de ornato.
Baluarte de San Pedro " Iglesia de Juan de Dios "
Es la sexta fortificación levantada durante el amurallamiento 
de la ciudad. Posee una planta de tipo cuadrangular, por lo que sus cuatro muros daban al exterior, y aún ostenta los cuatro garitones de sus esquinas. Su puerta de acceso muestra sobre el dintel un escudo con la tiara papal y las llaves del cielo, que es el símbolo de San Pedro, y en su interior se encuentra un pequeño patio con una escalera que lleva a la azotea, donde es posible apreciar los garitones. Uno de ellos poseía una campana que alertaba a la población en caso de ataque y otro conserva aún su letrina.
Durante el siglo XIX jugó un papel muy importante durante las batallas que tuvo contra el gobierno de Mérida y contra el general Santana, su función era el de refugio de la tropa así como depósito de municiones y pólvora. Posiblemente su purguero fue testigo de torturas efectuadas en el siglo XVIII durante la llamada Santa Inquisición ;mientras que a su lado fue construido el hospital y la iglesia de San Juan de Dios que fue construido al principio del siglo XVIII , y convirtiéndose este en el primer hospital Mexicano , aunque el hospital en la actualidad no existe la iglesia si y mantiene el estilo sobrio , sobresale en esta construcción un cúpula coronada por una linternilla en la cual se encendía fuego en señal de que era un hospital
En la actualidad se encuentran las oficias del INAH.
Baluarte de San Francisco
Debido a la importancia y al protagonismo que tuvieron lo
s misioneros franciscanos en tierras del pueblo maya se le debe el nombre a este baluarte .Es otra de las fortificaciones de la ciudad que todavía quedan en pie, aunque ésta debió ceder ante el avance de la modernidad que al final del siglo XIX le cercenó casi la mitad de su estructura para dar paso a un tranvía. De cualquier forma, en su pequeño patio está la vieja rampa de acceso a la azotea, desde donde podrá obtener una excelente vista de la ciudad.
Su gran dimensión esta unida a la puerta de la tierra por un gran lienzo de muralla en el otro extremo se comunicaba con el baluarte de San Pedro , si usted sube y realiza un recorrido podrá apreciar como esta conformado el centro histórico , la alameda y el mercado , así como otros sitios de interés .Actualmente el baluarte de san Francisco ha sido restaurado a su dimensión original y se puede apreciar la gola , el cuarto de guardia el cuarto de almacén y el cuartel