Atribuido en un principio a la Señora del Rosario, el Templo de San Juan de Dios terminó de construirse el 18 de mayo de 1562.
Provisionalmente sirvió de Catedral durante la construcción de ésta de modo que puede decirse que es el templo más antiguo de Mérida. Tanto el solar en el que se edificó el templo, como el que fue dedicado al hospital de San Juan de Dios, fueron donados por Gaspar Juárez de Dávila en 1575.
Formó parte del desaparecido Hospital de Nuestra Señora del Rosario, construido en 1624, que estuvo bajo la administración de los Hermanos San Juan de Dios, de donde tomó su nombre el recinto.
En el año 1862 pasó el hospital al ex convento de la Mejorada.
La entrada original estuvo sobre la calle 61, donde se observan aún un alfiz de piedra en forma de rosario, aludiendo a la advocación del recinto y una hornacina pequeña donde hubo antiguamente una imagen ya desaparecida, probablemente de la virgen patronal.
Una pequeña entrada sobre el ábside, flanqueada con dos pilastras coronados por urnas y cabezas de leones, da acceso a la calle.
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