Cuando las plagas de langostas atacaron los cultivos de los yucatecos, los vecinos de lo que hoy es el barrio de San Juan, prometieron a San Juan Bautista erigirle un templo si les concedía cedieran ya las amenzas, al recuperar de nuevo los plantíos aquellos devotos se dieron a la tarea de cumplir con lo acordado, así edificaron una pequeña capilla en honor al santo que les había regresado sus campos; no obstante al poco tiempo una fuerte hambruna golpeó a la ciudad, motivo que llevó a los habitantes a reafirmar su fé en aquel santo que les regresó el trabajo para que también les ayudara a recuperar su alimento, de esta manera procedieron a levantar aún más la mencionada capilla convirtiéndola en el majestuoso templo que hoy en día conocemos.
En su interior resalta una fuente llamada "La Negrita", al costado sur de la iglesia se encontraba originalmente una plaza de toros que funcionó haste 1910 cuando fue sustituido por una pequeña placita en la que figura en el centro una estatua de Benito Juárez; en la parte trasera del recinto se encuentra la sacristía y un pequeño espacio en el que antiguamente se hospedaban los viajeros que llegaban de visita.
Al frente de la entrada se aprecia un colorido parque con juegos infantiles, bancas, fuente e incluso, gracias al ayuntamiento municipal, cuenta con servicio de internet inalámbrico, conexiones para la carga de energía y unas pequeñas casetas ideales para navegar de manera cómoda en el mundo del internet.
Esta Iglesia se encuentra a aproximadamente tres cuadras de la plaza principal de la Ciudad de Mérida, además de que en sus costados se puede abordar diferentes rutas urbanas para trasladarse a diferentes puntos de la capital e incluso del estado.
