Al igual que en otros lugares de la Nueva España, en Yucatán se participó de las costumbres funerarias impuestas a la población indígena por medio de la religión. En el caso de la población de Santa Elena, el viajero John L. Stephens señala que el atrio de la iglesia era usado como camposanto durante los siglos XVII y XIX. En el costado sureste de la sacristía aún existe una construcción de forma cuadrada con paredes de mampostería que fue usada como osario. Así mismo en el pasado el piso de la iglesia estaba lleno de pedazos revocados de material que cubrían sepulturas con un orden de deposición aparente similar a los entierros efectuados en cementerios al aire libre, los cuales después de un tiempo los restos óseos eran reubicados en osarios o en el interior de las iglesias.

Las prácticas que dominaron y que quedaron en uso hasta nuestros días fue enterrar los cadáveres en las iglesias, en sus atrios o en los cementerios; los lugares que se ocupan pueden ser comprados a perpetuidad o por cierto lapso, el pago que se tiene que hacer está de acuerdo con el cementerio o iglesia que se elija, la ubicación o el tipo de tumba que se seleccione.

En el pasado cuando los entierros se hacían dentro de las iglesias se elegía un sitio donde el jefe de familia habitualmente decía sus oraciones; para ello se levantaba la parte del piso correspondiente; cuando se trata de altos dignatarios estos fueron depositados en el interior de las grandes edificaciones.