La construcción de la capilla se puede fechar entre 1590 y 1600, su ubicación dentro de la Plaza Central sugiere que este espacio, ya desde tiempos prehispánicos se llevaban a cabo ceremonias importantes, que se prolongaron hasta la época de la conquista con la religión católica; se supone que en ese entonces Dzibilchaltún tenía una población numerosa que justifico la construcción de la capilla.
En el frente se puede apreciar la base que delimitaba su extensión, zona que quedo cubierta por lo que fue su nave, hecha de paja y morillos de madera. Conserva aún estucos pintado.
Los restos de la casa cural, que se pueden ver inmediatamente al norte, albergaron a los frailes que llegaban a oficiar.