A un costado del Parque Zoológico del Centenario se encuentra una singular casona antigua, pues tiene una historia muy interesante, a principios del siglo XX sirvió como casa habitación, posteriormente se instaló el antiguo colegio de enfermería, luego fue escuela para mecánicos de aviación y hospital militar hasta llegar a ser lo que es hasta nuestros días, el Museo de Historia Natural.

En el año de 1991 además de cumplir con sus funciones como museo, se le anexan algunas labores educativas, como talleres, cursos, eventos e incluso visitas guiadas para las escuelas.

Este museo cuenta con seis salas de exposiciones permanente que invitan al visitante a conocer un poco más acerca del universo, las eras paleozoica, mesozoica, cenozoica, algunas muestras de la reserva ecológica de cuxtal en la que dan ejemplo de lo que ahí podrá encontrar, los animales y vegetación que abundan en dicha reserva ecológica y el arrecife alacranes; cuenta también con una para exposiciones temporales, una sala audiovisual.

Al paso de los años este lugar ha sufrido modificaciones que le han llevado a ser cada vez mejor ofreciendo cada vez más conocimiento a quienes deciden hacer una parada aquí, todo sin dejar de lado su compromiso de fomentar el buen cuidado de la naturaleza y la vida en el planeta desde los inicios hasta nuestros días creando así conciencia para hacer de este planeta un lugar cada vez mejor.